戦後60年間国会では小政党の域に留まっており、国政与党になったことはないが、ソ連解体後、世界で多くの共産党が改名または解散する中で、共産党の名と議会勢力をともに維持している。1990年代後半には日本社会党からの離反層を取り込み、集合離散の続いた他党候補者の濫立も有利に作用して衆議院で一時的に勢力を回復し、1998年の参議院選挙では、15議席を獲得し、非改選議員とあわせて予算を伴う法案の提出権を初めて獲得した。その後は小選挙区制の定着による二大政党制指向の強まりや総議員定数の削減、昨今の日本周辺の国際情勢も相まって国会の議席が後退した。『しんぶん赤旗』の発行部数も、ピーク時の半分ほどにまで減少している。また、当選人数が1人であり大政党に有利な傾向の強い小選挙区制では共産党候補の当選はきわめて難しいものとなっている。1996年の第41回総選挙では、小選挙区で2議席（京都3区の寺前巌と高知1区の山原健二郎）を獲得したが、それ以降、小選挙区での当選はない。
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2000年の第7回中央委員会総会（7中総）では、党規約から「前衛党」規定が削除された。また、同年不破哲三に代わり志位和夫が委員長となり、不破は宮本に代わり議長となった。この不破・志位体制の成立により、宮本の影響力は低下した。2006年1月11日 - 1月14日に開催された第24回党大会で、いわゆる「現実・柔軟路線」を指導してきた不破哲三が、議長職を高齢と健康などを理由に退き、「委員長志位・書記局長市田体制」が確立した。
共産党の全選挙区擁立戦術は、与党である自民党・公明党の選挙協力体制が緊密化するにつれて、結果的に野党間の候補共倒れ、連立与党候補の過半数に満たない得票率での当選という結果を激増させた。